神の祝福を受けた人間『スイーツ』と普通の人間が暮らす世界だったスウィーティア。
人を喰らう怪物『モグモグ』の登場により、世界に混乱の渦が巻き起こる。

世にも珍しい男性スイーツ『パティシエ』である主人公は、
シュガー特別研究チーム（シュガラボ）のスイーツ達と共に、
世界を救うため、立ち上がる。

モグモグとの戦いから10年後、シュガラボで仕事をしていた主人公は謎の声に呼び掛けられる。
「今すぐ目を覚ましなさい。アナタが今いるのは夢の中――」

謎の声に導かれるように目を覚ますと、目に映る全ての生き物が姿を消し、
まるで時が止まったかのような世界となっていた。

主人公は自分と同じ境遇に置かれた少女と子犬と出会い、新たな旅を始める――